После перенесения кафедры из Сан–Франциско в Нью–Йорк и образования многонациональной епархии Северной Америки епископ Тихон предложил изменить статус миссионерской епархии, которая была непосредственно связана с помощью из России. Фактически после возникновения единой многонациональной Православной Церкви в Америке встал вопрос о независимости ее от Русской Православной Церкви и создании условий для формирования автокефальной Православной Церкви в Америке. Во многом это был результат особого апостольского видения и церковного строительства, которое навсегда связаны с именем святителя Тихона, просветителя Северной Америки.

В своих предложениях по вопросам церковной реформы для предсоборного присутствия святитель предлагал проект преобразования североамериканской епархии в экзархат.

«Дело в том, — писал он, — что в состав ее (епархии) входят не только разные народности, но разные православные Церкви, которые, при единстве в вере, имеют каждая свои особенности в каноническом строе, в богослужебном чине, в приходской жизни; особенности эти дороги для них и вполне терпимы с общей православной точки зрения. Посему мы не считаем себя вправе посягать на национальный характер здешних Церквей, напротив — стараемся сохранить таковой за ними, предоставляя им возможность быть непосредственно подчиненными начальникам их же национальности (сирийские, сербские и греческие приходы и избрание для них епископов). В своей области каждый из них самостоятелен; но дела, общие для всей Американской Церкви, решаются соборне под председательством русского архиепископа. Жизнь в Новом Свете по сравнению со Старым имеет свои особенности, с которыми приходится считаться и здешней Церкви, а посему этой последней должна быть предоставлена большая автономия (автокефальность), чем другим русским митрополиям. В состав проектируемого Американского экзархата могут входить:

1) архиепископия Нью–Йоркская, коей подчинены Русские церкви в Соединенных Штатах и Канаде;

2) епископия Аляскинская, обнимающая Церкви православных жителей Аляски (русских, алеутов, индейцев, эскимосов);

3) епископия Бруклинская (сирийская);

4) епископия Чикагская (сербская);

5) епископия греческая.

Для Американской миссии важно также получить разрешение об отношении к англиканам и их иерархии».

В дополнение к ранее образованным «русским» викариатствам Нью–Йорка и «арабским» в Бруклине епископ Тихон предложил дополнить их сербской епархией в Чикаго и греческой епархией. Таким образом, Православие в Америке превращалось из эмиграционной Церкви в соборную поместную Церковь. С этой целью были проведены несколько подготовительных конференций духовенства в 1905 и 1906 годах, В феврале 1907 года в Майнфилде (штат Пенсильвания) был созван исторический Всеамериканский Собор, который собрал представителей православного духовенства и мирян. И вскоре после этого Собора святитель Тихон возвратился в Россию, получив назначение на старинную Ярославскую кафедру.

За время святительства преосвященного Тихона к Православию присоединились 32 карпаторусских прихода, близ города Скрантона в штате Пенсильвания был основан Свято–Тихоновский монастырь, а при нем была устроена школа–приют для сирот.

«При епископе Тихоне, — вспоминал один из преподавателей духовной семинарии в Миннеаполисе, — все были объединены общностью положений, интересов, чувств и мыслей. В миссии господствовало блаженство мира, согласия, дружбы и любви. Не было разрушительных ссор, озлоблений и взаимной ненависти, не было свары, не было разделений — был один архипастырь и одно стадо».

Основополагающее значение для становления Православной Церкви в Америке имели учреждение православной духовной семинарии в Миннеаполисе (штат Миннесота) в 1905 году и первого православного мужского Свято–Тихоновского монастыря в Саус Канаан (штат Пенсильвания), создание сети общественных и финансовых организаций для поддержки епархиального и приходского служения.

При освящении мужского Свято–Тихоновского монастыря и храма в Пенсильвании святитель Тихон в своей речи говорил:

«Божиею поспешествующею милостию Православная Церковь все более возрастает и укрепляется в стране сей. В разных местах устрояются православные храмы, образуются приходы, братства, школы, открывается семинария, бурса, сиротский дом. Но все же жизнь нашей Церкви здесь не была бы до сих пор полною: мы не имели учреждения, которое с давних веков является неразлучным спутником Православной Церкви и составляет ее украшение. Разумею монастыри, которыми так богата святорусская земля. И вот, слава и благодарение Богу! Пробел этот ныне восполняется, и мы празднуем днесь открытие Свято–Тихоновского монастыря и освящение первого монастырского храма».

Большую роль в формировании Православия в Америке сыграл ежемесячный журнал «Американский православный Вестник», который издавался на русском и английском языках, а также издание в 1906 году на английском языке книги «Богослужения святой Православной Церкви».

Итогом миссионерского служения святителя Тихона и присущего ему особого видения, каким должно быть Православие в Америке, а также его архипастырского попечения о многонациональной пастве на североамериканском континенте стали существенные изменения в устройстве, административной структуре и духовном развитии Православной Церкви в Америке. В своей разносторонней миссионерской деятельности епископ опирался на самоотверженное служение таких известных священников–миссионеров, как отец Владимир Александров, который был первым православным миссионером в Канаде; отцы Александр Хотовицкий и Иоанн Кочуров, которые по возвращении в Россию приняли мученические венцы от богоборческой власти и были прославлены в лике святых как в России, так и в Америке; и наконец, будущие первоиерархи Американской Церкви — митрополит Феофил (1934–1950) и митрополит Леонтий (1950–1965).