Родился в Париже, жил с семьей во Франции, России, Англии, Германии. Учился в Гейдельбергском, Женевском и Берлинском университетах. В Берлинском университете получил степень д-ра философии (1934). 1937–1939 гг. — преподавал в Парижском институте истории науки и техники. С 1940 г. живет в Палестине. 1948–1952 гг. — сотрудник ближневосточного отдела МИД Израиля. С 1952 г. преподает в Еврейском университете в Иерусалиме (с 1961 г. — профессор общей и еврейской философии). С 1977 г. — почетный профессор. Член Израильской академии наук. Лауреат государственной премии Израиля 1968 г. Автор многочисленных работ на иврите, английском, немецком языках в области древнегреческой, средневековой еврейской и арабской философии, современной западноевропейской философии, истории раннего христианства.

«Исключительная академическая и личная репутация Пинеса была в значительной степени обусловлена тем, что он был одним из последних энциклопедистов в век торжествующей специализации, ученым, получившим, что называется, настоящее европейское образование — в той самой Европе, что еще существовала до Второй мировой войны. Недаром его называли человеком-университетом. Впрочем, в данном случае речь вовсе не идет о некой европейской идиллии, но об образовании скитальца — жизненные обстоятельства заставили Пинеса сменить несколько европейских университетов. Следует также отметить, что некоторых из его почитателей особо привлекало то, что, уже будучи членом Академии, лауреатом Премии Израиля, одним из столпов Иерусалимского университета, он продолжал скептически относиться к получившим одобрение социума иерархиям, оставался человеком до крайности, вызывающе «не истеблишментским». Стоял на этом спокойно, без аффектации, но непреклонно.

И всё же, пожалуй, наиболее важным фактором «феномена Пинеса» был уже упомянутый упор, сделанный ученым на глубинные связи между сопредельными культурами, на, если угодно, неизбывную межконфессиональную диалогичность религиозно-философского дискурса в различных его нервных узлах: иудаизм-христианство, еврейско-арабская философская мысль — христианская схоластика, и так вплоть до Спинозы — Канта — Ницше. Именно систематический подрыв мифа об автономном, «герметичном» существовании, так сказать, внеисторических мировоззренческих «сущностей» греко-римского видения мира, иудаизма, христианства, мусульманства и т. д. — и упор на «интертекстуальность» принадлежащих к одному ареалу культур превратили Пинеса в человека, без которого невозможно представить интеллектуальный ландшафт израильской гуманитарной науки.» — писали о Шломо Пинесе Ури Гершович, Сергей Рузер, авторы предисловия к русскоязычному собранию работ Пинеса.