Обитель расположена в месте впадения р. Махрищи в р. Молокчу, в 15 км от г. Александрова и в 35 км от Троице-Сергиевой лавры. Монастырь основан прп. Стефаном Махрищским. Он поставил здесь храм во имя Живоначальной Троицы, соорудил келью, и вскоре вокруг него собралась братия, а сам он стал игуменом этого монастыря. Прп. Стефан был одним из духовных друзей и собеседников прп. Сергия Радонежского, который неоднократно посещал монастырь. В начале XV в. обитель была опустошена пожаром, а в Смутное время разорена литовцами. Ее восстановление относится ко времени правления царя Михаила Феодоровича. Со временем в Махрищском монастыре было воздвигнуто 4 каменных храма: во имя Святой Троицы, во имя прп. Стефана, во имя прп. Сергия Радонежского и в честь первоверховных апп. Петра и Павла. Среди святынь обители особо почиталась чудотворная Тихвинская икона Божией Матери. Ежегодно в обители совершались крестные ходы. При обители действовала одноклассная церковно-приходская школа с общежитием для учеников. Для братии была организована больница, а для паломников был открыт странноприимный дом. В советские годы обитель была беспощадно разорена и разграблена. На территории монастыря попеременно размещались детский дом для беспризорников, общежитие, турбаза. Монастырские строения использовались как складские помещения. Троицкий и Стефановский храмы были разобраны на кирпичи для строительства аэродрома. В 1990-е гг. Стефано-Махрищская обитель стала возрождаться как женская. Сначала на ее территории был устроен скит Александровского женского Свято-Успенского монастыря. Затем монастырь стал самостоятельным. Однако и сегодня не все здания переданы монастырю. Насельницы восстанавливают храм прп. Стефана. Недавно в с. Большие Талицы, на месте подвигов монаха Антония и монастырской часовни, было открыто подворье обители.