Сей монастырь был основан по благословению Киевского митрополита Петра (Могилы) в 1636 г. Вначале обитель была мужским монастырем. У ее истоков стоят православные волынские вельможи Даниил Малиновский и Лаврентий Древинский. В том же году при монастыре было организовано Братство, которое защищало Православие и противодействовало распространению в Кременце и его окрестностях унии. При Богоявленском Братстве действовала школа, богадельня и типография. В 1701 г., вследствие происков иезуитов, монастырь становится униатским. Униаты-василиане в 1725 г. заменили тогда существовавшие деревянные постройки на каменные: возвели трехэтажный жилой корпус и новый храм. В здании бывшей униатской коллегии, рядом с монастырем, стараниями Фаддея Чацкого был устроен польский лицей. По ходатайству министра иностранных дел Польши Адама Чарторыйского в 1807 г. здания василианского Богоявленского монастыря были переданы лицею, что и завершило разгром существовавшей здесь Православной Церкви. В том же году Богоявленский монастырь был переведен в северную часть города, где находится и поныне. Новый монастырь состоит из большой каменной церкви и трехэтажного жилого корпуса. Этот архитектурный ансамбль был построен около 1760 г. Познанским воеводою Станиславом Потоцким для латинских монахов-реформаторов, которых в свою очередь в 1807 г. переместили в монастырь, что в селе Дедеркалы Кременецкого уезда. На месте же оставленного базилианами старого монастыря (после закрытия лицея в 1833 г.) разместилась в 1839 г. Волынская духовная семинария, которая была переведена из города Аннополь. В 1839 г. произошло воссоединение западноукраинских униатов с Православною Церковью и Кременецкий монастырь был возвращен законным владельцам. В обители был обустроен православный приходской храм. С 1865 г. в православной Свято-Богоявленском монастыре снова была восстановлена иноческая жизнь. Обитель приписали к Загаецкому монастырю святого Иоанна Милостивого. А меньше, чем через десять лет — 13 апреля 1873 г. — он уже причислен к Дерманскому Свято-Троицкому монастырю. С этого времени, в соответствии с постановлением Святейшего Синода, настоятели Дерманского монастыря (которыми являлись епископы Острожские — викарии Волынской епархии) стали жить в Кременецком монастыре для непосредственного наблюдения за находящимися в городе церновно-учебными заведениями. С 1902 г. епископы Острожские стали именоваться уже Кременецкими, а Духовная Семинария была переведена в Житомир, бывший в то время кафедральным городом Волынской епархии. В 1880 г. в монастыре было восстановлено Богоявленское братство, которое утверждало в местных жителях православную веру и искореняло последствия католицизма и униатства в Западной Украине. В 1906 г. обитель стала самостоятельным штатным монастырем первого класса. По инициативе Кременецкого епископа Дионисия (Валединского) в 1919 г. при монастыре была основана Православная Духовная Семинария. С 1927 г. она официально называлась Государственная православная духовная семинария. В 1921–1922 гг. в Кременце, при Волынской духовной консистории, выпускается журнал «Православная Волынь», а также издания «Духовный сеятель» (1928–1931 гг.) и «Церковь и народ» (1935–1938 гг.). Православная духовная семинария и Волынская консистория действовали при монастыре до 1939 г. По состоянию на 1937 г. в распоряжении монастыря были: епархиальный свечной завод, школа псаломщиков с общежитием, богадельня Кременецкого Богоявленского Братства для женщин. Монастырская земля состояла из четырех наделов: сад, кладбищенский сад, огород возле кладбища. На то время братии в монастыре проживало 13 человек. С 1934 г. в Кременецкой обители находилась резиденция архиепископа Алексия (Громадского), который впоследствии был Экзархом всея Украины. Митрополит Алексий был убит 7 мая 1943 г. и похоронен на монастырском кладбище. В 1953 г. решением Священного Синода, по благословению Святейшего Патриарха Алексия (Симанского), было удовлетворено ходатайство архиепископа Панкратия в Кременецкий Свято-Богоявленский монастырь были переведены насельницы Свято-Николаевского женского монастыря из села Обич Шумского района Тернопольской области, а Кременецкие монахи переселились по другим монастырям епархии. Первоначально в Кременецком Богоявленском монастыре насчитывалось не более 50 сестер. В то время настоятельницей была игумения Зоя (Харкевич). В 1955 г. ее сменила игумения Анимаиса (Малеева). В начале 1959 г. монастырь насчитывал уже 65 сестер. В том же году Свято-Богоявленский женский монастырь был закрыт. Монахинь разогнали, большая часть сестер переехала в Корецкий Свято-Троицкий женский монастырь. Монастырское имущество в частности библиотека, были расхищены. В Богоявленском храме был устроен спортзал, в жилом корпусе разместилась больница, колокольня была сожжена. Главная святыня монастыря чудотворная икона Божией Матери «Скорбящая», с тех пор на протяжении тридцати лет сохранялась в Свято-Успенской Почаевской Лавре в храме Похвалы Пресвятой Богородицы. 26 августа 1990 г. по благословению Лазаря (Швеца), архиепископа Тернопольского и Кременецкого, заботами и трудами насельников Свято-Успенской Почаевской лавры, в Богоявленском женском монастыре снова затеплилась лампадка монашеской молитвы. 23 января 1991 г. в родную обитель из Корецкого монастыря возвратились пять монахинь, в числе которых была монахиня Херувима (Бенещук). В том же году епископом Тернопольским и Кременецким Сергием (Генсицким) она была возведена в сан игумении и возглавила первых 12 сестер-монахинь в новом общежительном монастыре. Заботами игумении Херувимы при монастыре были восстановлены ризница, библиотека, золотошвейная мастерская, отреставрирована колокольня. После смерти игумении Херувимы, в 1996 г., была избрана настоятельницей обители монахиня Марионилла (Панасюк), бывшая до этого благочинной монастыря. 6 ноября того же года матушка была возведена в сан игумении. Сегодня под ее руководством монастырь продолжает возрождаться. Милостью Божией монастырю возвращен главный жилищный корпус со Свято-Николаевским храмом, а также ведутся ремонтные работы в бывшей монастырской гостинице. Построены просфорня, пекарня, пошивочная, новый корпус с трапезной и кухней и другие хозяйственные помещения. Жизнь насельниц монастыря проходят в непрестанных трудах и молитвах. С 28 августа 1992 г. каждый день после вечернего Богослужения вокруг монастыря совершается Крестный ход.